Рыба-клоун Марлин живёт на Большом Барьерном рифе и после трагедии становится чрезмерно осторожным отцом. Когда его единственного сына Немо ловят люди и увозят далеко от дома, Марлин отправляется через весь океан на его поиски. По пути он встречает добродушную и забывчивую рыбку Дори, которая становится его спутницей в полном опасностей путешествии. Им предстоит столкнуться с акулами, медузами, морскими течениями и множеством других испытаний. Тем временем Немо, оказавшись в аквариуме стоматологической клиники, пытается найти способ вернуться к отцу и не теряет надежды на спасение.