Угрожающие человечеству атаки Ангелов не прекращаются, и НЕРВ вводит в действие двух новых пилотов — Аску и Мари. Но не превратит ли это положение из критического в абсолютно безнадежное? Тем временем Гендо Икари и ЗЕЕЛЕ продолжают работу над секретным проектом, в который вовлечены два первых пилота «Евангелионов» — Синдзи и Рей.